Dès son arrivée sur la planète, Olimar rencontre une étrange cosse qui ressemble à un oignon d'Hocotate. Cet "oignon" libére une graine qui se met à pousser dans une lueur rouge. Olimar la sort de terre et découvre une créature qu'il baptise "Pikmin".
Les Pikmin servent à plusieurs choses pour Olimar : experts en démolition, ouvriers et même guerriers. Ils font tout ce qu'il leur dit et se laissent même projeter dans les airs. D'autres Pikmin sont créés en alimentant l'oignon avec des bêtes et des palets. Sur la planète, il existe trois types uniques de Pikmin, tous fidèles à leur capitaine.
