Tout juste de retour au bercail, Olimar se félicite d’être encore en un seul morceau. Après s’être écrasé sur une planète lointaine, il a rapidement compris que son seul moyen d’en réchapper était de tirer parti des facultés des Pikmin, de minuscules créatures absolument adorables qui, sous ses ordres, se sont mises en quête des éléments éparpillés de son vaisseau spatial bien-aimé. Olimar, qui ne disposait que de 30 jours pour accomplir la mission avant que ses réserves en oxygène ne s’épuisent, n’oubliera jamais les Pikmin qui l’ont aidé dans l’adversité.

Mais son retour ne se passe pas vraiment comme il l’attendait car il s'avère que l'employeur intergalactique d'Olimar, Hocotate Fret, s'est lourdement endetté en son absence. Tandis que le Président conte toute l’histoire à Olimar, notre valeureux explorateur, épuisé, laisse par inadvertance tomber un bibelot ramené de ses pérégrinations.

Lorsque ce misérable bout de métal est évalué à pas moins de 100 Pokos, la solution aux problèmes d’Hocotate Fret est toute trouvée.

Olimar devra tout simplement retourner sur la dangereuse planète et reprendre le commandement des Pikmin. Après tout, si des objets à 100 Pokos traînent un peu partout sur cette lointaine planète, cela ne devrait pas être dur de se procurer les fonds nécessaires pour rembourser l’emprunt sachant que la contrainte des 30 jours n’est plus là. Vous me suivez ?

On est mieux à deux
Cette fois-ci, Olimar ne sera pas seul, son collègue Louie faisant partie du voyage. Et après les dangers rencontrés lors de son dernier voyage, Olimar se réjouit sans aucun doute que deux nouvelles mains l’aident à commander les Pikmin et à affronter les créatures aussi étranges qu’hostiles qui ne manqueront pas de les guetter.