Flipnote Studio maakt het heel eenvoudig om je eigen unieke animaties te maken. Je maakt een simpele tekening, en gaat naar de volgende pagina. Daar is de vorige tekening transparant afgebeeld, zodat je hem eenvoudig kunt 'overtrekken', eventueel met een kleine wijziging. Vervolgens kun je je werk met een druk op de knop in beweging zetten.

Gebruik de basisset van pen, verfkwast en gummetje om op een enkele pagina een tekening te maken. Je kunt desgewenst kiezen voor verschillende kleuren en patronen, en voor wit of zwart papier. Tevreden over het resultaat? Dan maak je op de volgende pagina een volgende tekening, en zo ga je verder.

Dankzij de Trace-optie kun je steeds zien wat je op de vorige pagina hebt getekend, terwijl je met je Copy-optie je tekening direct naar de volgende pagina kunt kopiëren. Beide opties kunnen goed van pas komen bij het maken van een soepel verlopende animatie - kies zelf wat voor jou het beste werkt.

Je kunt ook foto's uit je Nintendo DSi Camera Album toevoegen aan je meesterwerkjes. Geïmporteerde afbeeldingen verschijnen in zwart-wit en kun je voorzien van verschillende effecten om ze geschikt te maken voor je creatie. Je kunt bijvoorbeeld contrast en verzadiging van het plaatje veranderen, of een effect kiezen waardoor het lijkt alsof de foto met de hand is getekend.

Op de Management-pagina kun je de snelheid van je animatie handig en zo vaak je wilt veranderen. Je kunt hier ook tekeningen kopiëren en plakken in volgende pagina's. Om je animatie nog indrukwekkender te maken, kun je er dankzij de Nintendo DSi microfoon ook achtergrondmuziek en geluidseffecten aan toevoegen.

Als je een paar eenvoudige Flipnotes hebt gemaakt, kun je de optie Advanced Tools kiezen voor een aantal nieuwe gereedschappen om meer geavanceerde resultaten te bereiken.

Door tussen de twee lagen van tekeningen te wisselen, kun je bijvoorbeeld de achtergrond gelijk houden terwijl je de animatie op de bovenste laag laat bewegen. De gereedschappen Flip en Shrink/Enlarge maken het gemakkelijk om snel en handig een complete tekening om te draaien of om deze te vergroten en te verkleinen. Zo kun je bijvoorbeeld een poppetje in de verte laten verdwijnen.

Twee andere geavanceerde gereedschappen zijn Select en Draft. Met Select kun je een specifiek deel van je tekening uitsnijden en op de volgende pagina's plakken, zodat je niet telkens hetzelfde hoeft te tekenen. Op vergelijkbare manier kan Draft het creatieve proces rmakkelijker maken door je kaders te laten trekken die als referentiepunt voor je verdere werk gelden.

Tenslotte bieden de Advanced Tools extra mogelijkheden om geluiden op te nemen, waarbij ook geluiden uit Nintendo DSi Sounds toegevoegd kunnen worden. Deze muziek en geluidsclips kunnen gemixt en uitgebreid worden met extra lagen om je animatie werkelijk tot leven te brengen!