Als je Dr Kawashima's Brain Training voor het eerst speelt, wordt er gevraagd naar je geboortedatum. Daarna moet je aangeven of je rechts- of linkshandig bent. Vervolgens wordt je score (je 'hersenleeftijd') bepaald via een korte test, die de snelheid en de nauwkeurigheid meet waarmee je de oefeningen uitvoert.

Zodra je 'hersenleeftijd' is bevestigd, is het tijd om je hersens te gaan trainen en je score te verbeteren. Brain Training bevat talloze verschillende reken- en taalkundige oefeningen, die je maar een paar minuten per dag hoeft uit te voeren. Een ingebouwde kalender volgt je vooruitgang en voor elke dag waarop je de oefeningen uitvoert, krijg je een 'stempel'.