Voor sommigen voelt dertig dagen als een eeuwigheid. Maar voor Olimar zijn die dertig dagen zijn enkeltje naar de eeuwige jachtvelden. Gelukkig kan de kapitein met vrachtladingen overweg, kennen de Pikmin geen angst, ontdekt hij vele geheimen en benut hij iedere seconde optimaal. Al was het alleen al om te zorgen dat het niet zijn laatste zullen zijn.

De manier waarop sommige Pikmin af en toe achterblijven is schattig, tot ze echt verdwalen en een grote Bulborb tegenkomen. Ze ontwikkelen tot Pikmin met bloem is de enige manier waarop Pikmin de snelheid krijgen die nodig is om Olimar bij te houden. Als Olimar het niet kan veroorloven om Pikmin in de grond te laten, dan neemt hij ze mee op een wandeling door het gras, waar vaak zoete nectar gevonden kan worden. Eén slokje en de sloompies komen direct tot bloei.

Olimar kan honderd Pikmin bij zich hebben en het is belangrijk voor zijn eigen veiligheid dat hij ze allemaal aan het werk houdt. En elke Pikmin heeft zijn sterke en zwakke punten, vandaar dat multitasken zo belangrijk is. Zo kan hij van de honderd Pikmin die hij heeft dertig opdragen een brug te bouwen, dertig een muur af laten breken en de rest kan de wezens in het gebied aanpakken of werken om meer Pikmin aan te maken. Naarmate meer Pikmin aan een taak werken is de taak sneller klaar. Tegelijk is het zo dat naarmate het spel vordert, meer en meer Pikmin-reserves vereist zijn bij gevechten tegen de grotere wezens van het spel.

Zijn de drie kleuren uien eenmaal ontdekt, dan kan Olimar zijn Pikmin-productievaardigheid testen in de Challenge Mode. Deze staat los van het avontuur en vraagt Olimar zoveel mogelijk Pikmin te produceren in één dag. Elke locatie komt om in de wezens, dus zonder superieure strijdvaardigheid verliest Olimar net zoveel Pikmin als hij er laat groeien.